Václav Luks studierte am Konservatorium in Pilsen, an der Akademie der musischen Künste in Prag und vollendete seine Ausbildung mit einer Spezialisierung in alter Musik an der Schweizer Schola Cantorum Basiliensis.

2005 gründete er das Prager Barockorchester Collegium 1704 und das Vokalensemble Collegium Vocale 1704. Die Ensembles gastieren unter seiner Leitung bei renommierten Festspielen, treten in namhaften europäischen Konzertsälen auf von Berlin über Wien und Salzburg bis Brüssel, Amsterdam, Warschau und London. Ihre Auftritte werden begleitet von erstklassigen Sängerinnen und Sängern wie Magdalena Kožená, Karina Gauvin, Vivica Genaux, Sandrine Piau, Philippe Jaroussky, Bejun Mehta, Sarah Mingardo, Adam Plachetka und Andreas Scholl. 
Die Aufnahmen des Collegium 1704 und des Collegium Vocale 1704 treffen nicht nur bei ihrem Publikum auf Begeisterung, sondern erhalten auch Auszeichnungen wie den Trophées, den Diapason d'Or und den Preis der deutschen Schallplattenkritik. Im Mai 2021 dirigierte Luks das Collegium 1704 beim Eröffnungskonzert des internationalen Musikfestivals Prager Frühling, auf dem Programm Smetanas ‚Mein Vaterland‘.
Sein Eifer hat maßgeblich dazu beigetragen, das Interesse an den Werken der tschechischen Komponisten Jan Dismas Zelenka und Josef Mysliveček wiederzubeleben und die tschechisch-deutschen Beziehungen im Rahmen der Kultur durch die Wiederentdeckung der gemeinsamen Musiktraditionen beider Länder zu stärken. Das Collegium 1704 nahm unter der Leitung von Václav Luks die Musik für Petr Václavs Dokumentarfilm „Zpověď zapomenutého“ (Beichte eines Vergessenen) und für „Il Boemo“, seinen Spielfilm über das Leben von Josef Mysliveček, auf. Bei Letzterem beriet Luks die Macher des Films mit seinem enormen Fachwissen in Sachen Musik. Bei Opern- und Theateraufführungen hat Luks bereits mit Regisseuren wie Willi Decker, Ursel Herrmann, Louise Moaty, David Radok, Jiří Heřman, J. A. Pitínský und Ondřej Havelka zusammengearbeitet. 

Seit 2021 gastiert er als Dirigent bei der Händel & Haydn Society in Boston und in den Spielzeiten 2022 – 2025 ist er Artist in Residence an der Kammerakademie Potsdam.
Neben seiner intensiven Arbeit mit dem Collegium 1704 tritt Václav Luks auch mit anderen renommierten Orchestern aus der Sparte der alten Musik auf, wie dem Orchestra of the Age of Enlightenment, der Nederlandse Bachvereniging, der Akademie für Alte Musik Berlin, Concerto Köln und La Cetra Barockorchester Basel. 

Zu seinen weiteren Engagements mit modernen Orchestern gehört die Zusammenarbeit mit der Tschechischen Philharmonie, dem Orchestre Philharmonique de Monte-Carlo, dem Norwegian Radio Orchestra, dem SWR- und dem hr-Sinfonieorchester und anderen Ensembles. Beim Benefizkonzert zugunsten der Restaurierung von Notre Dame dirigierte Václav Luks das Orchestre Nationale de France, mit dem er seit 2019 regelmäßig zusammenarbeitet. Der französische Radiosender France Musique widmete ihm fünf Folgen der Reihe Grands interprètes de la musique classique. Im Juni 2022 erhielt er für seine bedeutenden kulturellen Leistungen den französischen Orden Ordre des Arts et des Lettres.